Большинство учреждений здравоохранения Санкт-Петербурга входят в систему Министерства здравоохранения Российской Федерации и делятся на четыре группы: подчиняющиеся Комитету по здравоохранению Санкт-Петербурга, федеральные учреждения Минздрава РФ, федеральные учреждения ФМБА и учреждения Ленинградской области, находящиеся в черте города. Комитет по здравоохранению правительства Санкт-Петербурга является исполнительным органом государственной власти по проведению городской политики в сфере здравоохранения. Помимо учреждений входящих в систему Минздрава РФ, в городе располагаются учреждения здравоохранения других ведомств, а также негосударственные учреждения.

В городе 106 амбулаторно-поликлинических учреждений, 33 стоматологических поликлиники, 44 диспансера разного профиля, 83 стационарных лечебных учреждения, 24 больницы, 57 станций скорой помощи. Среди них: Городская Покровская больница, Александровская больница, госпиталь для ветеранов войн, городские психиатрические больницы имени Кащенко, Святого Николая Чудотворца, клиническая инфекционная больница имени Боткина, НИИ гриппа имени А. А. Смородинцева, НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д. О. Отта, детская клиническая больница имени К. А. Раухфуса, детская клиническая больница имени Н. Ф. Филатова и другие. С 2005 года реализуется национальный приоритетный проект «Здоровье», предусматривающий модернизацию системы городского здравоохранения.

По состоянию на 2015 год уровень здравоохранения в городе по ряду показателей остаётся лучшим в России, также здесь самый низкий уровень смертности в стране. С 2012 года происходит активная модернизация медицинского оборудования и осуществляется программа по повышению качества по проведениям диспансеризации населения, проводится программа по улучшению жилищных условий медицинским работникам.